В первые годы своего существования город на Северной Двине был известен несколькими названиями. Он был называн Новым городом, Новыми Холмогорами и Новым Холмогорским городом, поскольку роль главного порта на реке Северная Двина перешла от села Холмогоры к этому городу. Местные жители часто называли его по монастырю, в честь которого он был основан – "Архангельский город". В 1613 году это название было принято как официальное, и с тех пор жители города известны как "архангелогородцы". В конечном итоге название города было закреплено в форме "Архангельск".
Город был основан в качестве слободы Михайло-Архангельского монастыря по указу Ивана Грозного. В 1584 году, который считается годом основания города, воеводы «одним годом … поставили город круг Архангельского монастыря» и острог. После этого образовалось поселение, которое получило название Новохолмогоры. В непосредственной близости от крепости на берегу реки была построена корабельная пристань.
Во время правления Екатерины II были сняты ограничения на внешнюю торговлю через северные ворота России. Однако Архангельск уже не мог вернуть себе статус главного порта страны.
В период наполеоновских войн и блокады Великобритании в 1807-1813 годах Архангельск пережил новый экономический подъем, так как был единственным портом в России, куда могли поступать британские товары. Город продолжал оставаться одним из крупнейших центров кораблестроительной промышленности.
В конце XIX - начале XX века Архангельск стал крупнейшим лесопромышленным и лесоэкспортным центром страны.
Архангельск служил важной базой для освоения Арктики и установления судоходства по Северному морскому пути. Более двухсот полярных исследовательских экспедиций отправились от причалов порта.
Несмотря на идеологию советского государства и религиозную коннотацию названия города, оно не было изменено. Тем не менее, период Советской власти ознаменовался разрушением и сносом многих памятников древней архитектуры. Среди уничтоженных зданий были более десяти храмов, в том числе старейшие здания города, такие как Архангельский монастырь с собором 1685—1689 гг., Рождественская церковь 1696—1712 гг., Воскресенская церковь 1699—1715 гг., Троицкий кафедральный собор 1709—1743 гг., Успенская церковь 1744 г. и Преображенский морской собор на острове Соломбала.
В военные годы Архангельск вместе с Мурманском и Молотовском стали одними из главных портов, принимавших грузы стран-союзниц в рамках ленд-лиза.