Первое название села Сорока (от слов в карельском языка "Сари" - остров, и "Жоки" - река) впервые упоминается в летописях в 1419 году. Из этих мест, старцы Герман и Савватий отправились на Соловецкий архипелаг, где впоследствии они основали Соловецкий монастырь. В 1551 году, Иван Грозный назначил Сороцкую деревню вотчиной монастыря на Соловках.
Строительство парового завода по заготовке леса способствовало росту территории поселения, а вслед за ней и росту численности населения. К 1912 году, в городе действовало три подобных предприятия. Собственная железнодорожная станция появилась у города в 1915 году.
Дополнительным импульсом к индустриальному развитию города послужило строительство Беломоро-Балтийского канала в 1933 году. В процессе строительства были сооружены многочисленные режимные объекты, образовавшие поселок Водников, и вошедшие впоследствии в состав города.
Для организации грузоперевозок, а также для ремонта судов, следующих по Беломорканалу, в 1934 году в городе был построен Беломорский морской порт. Порт функционирует и по сей день, и организует сообщение с Соловецкими островами.
В 1938 году, решением Президиума РСФСР, село Сорока, поселки Водников и лесопильщиков, а также поселок у железнодорожной станции, были организованы в единую территорию города, который получил название Беломорск.
